研究者業績

近藤 次郎

コンドウ ジロウ  (Kondo Jiro)

基本情報

所属
上智大学 理工学部物質生命理工学科 教授
学位
学士(工学)(1999年3月 立命館大学)
修士(理学)(2001年3月 東京工業大学)
博士(理学)(2004年3月 東京工業大学)

研究者番号
10546576
J-GLOBAL ID
200901072722483790
researchmap会員ID
6000003115

外部リンク

研究活動

X線結晶解析などの生物物理学的手法をつかってDNAやRNAといった核酸分子の「かたち」や「動き」を原子・分子レベルの目で観察し、それらの「働き」を明らかにする研究を行っています。これによって複雑な生命現象をより詳しく理解することが可能になります。さらに、これらの研究で得られた立体構造情報を活用・模倣して、遺伝病などの治療薬や診断薬、バイオナノマテリアルのデザイン・開発に取り組んでいきます。

 

教育活動:担当授業科目

基礎生物学、理工基礎実験、生物科学実験Ⅰ、生物物理学、卒業研究、Fundamental Biochemistry、Technology & Innovation - Career Development -、生物物理特論、生物科学ゼミナール、大学院演習

 

研究テーマ

・抗生物質に対する耐性メカニズムの分子構造論的研究と創薬への応用
・DNAを利用する重金属イオン除去膜、導電性ワイヤーの開発研究―構造、物性、応用
・分子・励起分子・イオンの電子構造と反応・ダイナミックスの解明
・ナンセンス突然変異型遺伝病に対するリードスルー治療薬のStructure-Based Design
・「顧みられない熱帯病(NTDs)」治療を目的とした新規アミノグリコシド系抗原虫薬のStructure-Based Design
・ナンセンス変異型遺伝性疾患への抗生物質の薬理メカニズムの解明と新規治療薬の開発
・「顧みられない熱帯病」をターゲットとした新規フッ素化アミノグリコシド薬剤のStructure-Base Design
・DNA-金属ハイブリッドナノワイヤー・ナノケージのStructure-Base Design
・孵化酵素-基質複合体の3次元構造の解明
・インフルエンザウイルスゲノムRNAの構造学的研究と新規インフルエンザ治療薬の開発
・DNA二重鎖中で無限に金属イオンが連続する超分子錯体:精密合成・結晶構造・物性
・DNAものづくりプラットフォームによるDNA医薬品の開発
・放射光X線結晶解析とクライオ電子顕微鏡を融合した構造生物模倣科学の開拓
・貴金属とDNAを融合させたバイオ・ナノデバイスのStructure-Based Design


論文

 118
  • Kai Kosugi, Ayano Sugawara, Erika Iwase, HeeJu Park, Shoji Fujiwara, Hiroki Kanazawa, Akira Ono, Jiro Kondo
    Chembiochem : a European journal of chemical biology e202500565 2025年10月13日  
    Gold-mediated base pairing in nucleic acids has remained poorly understood, despite structural analogies with mercury and silver ions known to coordinate selectively to mismatched base pairs. Here, the crystal structures of a CAu(I)C base pair and a CGAu(I)C base triple formed with natural nucleobases are reported. Although solution-phase thermodynamic analysis of Au(I) coordination is technically unfeasible, structural evidence supports its selective insertion into the base mismatches. In contrast, duplexes incorporating 2-thiocytosine form square-planar complexes with Au(III), and melting temperature analysis shows significant thermal stabilization. The distinct coordination geometries of Au(I) and Au(III) arise from differences in oxidation state and preferred coordination numbers, with Au(I) favoring linear two-coordinate structures and Au(III) forming square-planar complexes stabilized by thiocarbonyl donors. These findings establish a structure-guided strategy for oxidation-state-selective metal coordination in nucleic acids, paving the way for the design of metal-responsive DNA architectures with tunable properties.
  • Juanjuan Ye, Futoshi Suizu, Keiko Yamakawa, Hiroyuki Yoneyama, Jiro Kondo, Motohiko Kato, Akira Nishiyama, Naohisa Yahagi, Kyuichi Kadota
    Scientific reports 15(1) 20365-20365 2025年7月1日  
    Tumor stromal remodeling is an obstacle for immune checkpoint inhibitors (ICI). A stroma modifying small interfering RNA (siRNA) to carbohydrate sulfotransferase 15 (CHST15) was recently shown to enhance tumor-infiltrating T cells, yet its impact on antitumor response of ICI remains unexplored. In mouse pancreatic cancer KPC and Pan02 subcutaneous syngeneic tumor models, mice were divided into 4 groups for treatment; (1) control, (2) CHST15 siRNA monotherapy, (3) anti-programmed death receptor 1 (PD-1) monotherapy, and (4) combination therapy with CHST15 siRNA and anti-PD-1 antibody. Mice were sacrificed after 2 week-treatments and anti-tumor effects were evaluated by immunohistochemistry for KPC and flow cytometry for Pan02 model, respectively. In the KPC model, combination treatment with intratumoral CHST15 siRNA (0.9-1.0 mg/kg) and systemic anti-PD-1 antibody (5 mg/kg) synergistically and robustly suppressed tumor growth with a significant increase of tumor-infiltrating CD4+ and CD8+ T cells compared to anti-PD-1 monotherapy. In the Pan02 model, combination treatment with CHST15 siRNA and anti-PD-1 showed anti-tumor effect with significant increases in % necrosis area of the tumor, and tumor-infiltrating T cells compared to the control. Notably, the combination therapy dramatically diminishes Ly6C+Ly6G+ granulocytic myeloid-derived suppressor cells (MDSCs) compared to anti-PD-1 monotherapy. The present study demonstrated the robust synergy between systemic anti-PD-1 antibody and a single stroma modifying agent. Combination usage of intratumoral CHST15 siRNA would provide a novel therapeutic option to trigger the remarkable effect of ICI on this most hard-to-treat solid tumor.
  • Hidetaka Torigoe, Kei Hirabayashi, Saki Adachi, Jiro Kondo
    Dalton Transactions 54 7208-7213 2025年4月  査読有り最終著者
  • Takahiro Atsugi, Shoji Fujiwara, Jiro Kondo, Akira Ono
    ChemBioChem e2500017 2025年3月27日  査読有り最終著者
  • Takumi Miyauchi, Kanna Yamaguchi, Satomi Saisu, Jiro Kondo
    NAR Molecular Medicine 2(1) ugaf006 2025年3月18日  査読有り最終著者責任著者

MISC

 12

書籍等出版物

 10

講演・口頭発表等

 154

共同研究・競争的資金等の研究課題

 37

社会貢献活動

 4

その他

 51