研究者業績

近藤 次郎

コンドウ ジロウ  (Kondo Jiro)

基本情報

所属
上智大学 理工学部物質生命理工学科 教授
学位
学士(工学)(1999年3月 立命館大学)
修士(理学)(2001年3月 東京工業大学)
博士(理学)(2004年3月 東京工業大学)

研究者番号
10546576
J-GLOBAL ID
200901072722483790
researchmap会員ID
6000003115

外部リンク

研究活動

X線結晶解析などの生物物理学的手法をつかってDNAやRNAといった核酸分子の「かたち」や「動き」を原子・分子レベルの目で観察し、それらの「働き」を明らかにする研究を行っています。これによって複雑な生命現象をより詳しく理解することが可能になります。さらに、これらの研究で得られた立体構造情報を活用・模倣して、遺伝病などの治療薬や診断薬、バイオナノマテリアルのデザイン・開発に取り組んでいきます。

 

教育活動:担当授業科目

基礎生物学、理工基礎実験、生物科学実験Ⅰ、生物物理学、卒業研究、Fundamental Biochemistry、Technology & Innovation - Career Development -、生物物理特論、生物科学ゼミナール、大学院演習

 

研究テーマ

・抗生物質に対する耐性メカニズムの分子構造論的研究と創薬への応用
・DNAを利用する重金属イオン除去膜、導電性ワイヤーの開発研究―構造、物性、応用
・分子・励起分子・イオンの電子構造と反応・ダイナミックスの解明
・ナンセンス突然変異型遺伝病に対するリードスルー治療薬のStructure-Based Design
・「顧みられない熱帯病(NTDs)」治療を目的とした新規アミノグリコシド系抗原虫薬のStructure-Based Design
・ナンセンス変異型遺伝性疾患への抗生物質の薬理メカニズムの解明と新規治療薬の開発
・「顧みられない熱帯病」をターゲットとした新規フッ素化アミノグリコシド薬剤のStructure-Base Design
・DNA-金属ハイブリッドナノワイヤー・ナノケージのStructure-Base Design
・孵化酵素-基質複合体の3次元構造の解明
・インフルエンザウイルスゲノムRNAの構造学的研究と新規インフルエンザ治療薬の開発
・DNA二重鎖中で無限に金属イオンが連続する超分子錯体:精密合成・結晶構造・物性
・DNAものづくりプラットフォームによるDNA医薬品の開発
・放射光X線結晶解析とクライオ電子顕微鏡を融合した構造生物模倣科学の開拓
・貴金属とDNAを融合させたバイオ・ナノデバイスのStructure-Based Design


論文

 108
  • Kohei Nomura, Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Jiro Kondo, Ting Shi, Hirotaka Murase, Kosuke Nakamoto, Yasuaki Kimura, Naoko Abe, Kumiko Ui-Tei, Hiroshi Abe
    Nucleic Acids Research 2024年9月5日  
    Abstract In this study, we report the synthesis of 2′-formamidonucleoside phosphoramidite derivatives and their incorporation into siRNA strands to reduce seed-based off-target effects of small interfering RNAs (siRNAs). Formamido derivatives of all four nucleosides (A, G, C and U) were synthesized in 5–11 steps from commercial compounds. Introducing these derivatives into double-stranded RNA slightly reduced its thermodynamic stability, but X-ray crystallography and CD spectrum analysis confirmed that the RNA maintained its natural A-form structure. Although the introduction of the 2′-formamidonucleoside derivative at the 2nd position in the guide strand of the siRNA led to a slight decrease in the on-target RNAi activity, the siRNAs with different sequences incorporating 2′-formamidonucleoside with four kinds of nucleobases into any position other than 2nd position in the seed region revealed a significant suppression of off-target activity while maintaining on-target RNAi activity. This indicates that 2′-formamidonucleosides represent a promising approach for mitigating off-target effects in siRNA therapeutics.
  • Vanessa Rück, Vlad A. Neacșu, Mikkel B. Liisberg, Christian B. Mollerup, Park Hee Ju, Tom Vosch, Jiro Kondo, Cecilia Cerretani
    Advanced Optical Materials 12(7) 2301928 2024年3月5日  査読有り責任著者
    Abstract The combination of mass spectrometry and single crystal X‐ray diffraction of HPLC‐purified DNA‐stabilized silver nanoclusters (DNA‐AgNCs) is a powerful tool to determine the charge and structure of the encapsulated AgNC. Such information is not only relevant to design new DNA‐AgNCs with tailored properties, but it is also important for bio‐conjugation experiments and is essential for electronic structure calculations. Here, the efforts to determine the structure of a HPLC‐purified green emissive DNA‐AgNC are presented. Unfortunately, the original DNA‐AgNC, known to have four valence electrons, could not be crystallized. By modifying the stabilizing DNA sequence, while maintaining the original spectroscopic properties, several mutants could be successfully crystallized, and for one of them, single crystal X‐ray diffraction data provided insight into the silver positions. While the DNA conformation is not resolved, the described approach provides valuable insight into the class of green and dual emissive DNA‐AgNCs with four valence electrons. These results constitute a roadmap on how to improve crystallization and crystal quality for X‐ray diffraction measurements.
  • 近藤次郎
    実験医学増刊号 42(2) 129-135 2024年  招待有り筆頭著者責任著者
  • Anna Gonzàlez-Rosell, Sami Malola, Rweetuparna Guha, Nery R. Arevalos, María Francisca Matus, Meghen E. Goule, Esa Haapaniemi, Benjamin B. Katz, Tom Vosch, Jiro Kondo, Hannu Häkkinen, Stacy M. Cop
    Journal of the American Chemical Society 2023年5月  査読有り
  • Hidetaka Torigoe, Jiro Kondo, Fumihiro Arakawa
    Journal of Inorganic Biochemistry 241 112125-112125 2023年4月  査読有り

MISC

 8

書籍等出版物

 10

講演・口頭発表等

 143

共同研究・競争的資金等の研究課題

 36

社会貢献活動

 4

その他

 51